在铃木园子的邀请下，柯南、小兰和少年侦探团一行参加了在太平洋航行的豪华客船阿佛洛狄忒号的处女航。很多名人和政界人士也来乘坐这艘优雅的海上游轮，但正在捉迷藏的时候铃木园子被人绑架、监禁了。凭借柯南的机智九死一生，这次在船上又发生了杀人事件。柯南注意到15年前发生的货船第一八代丸的沉没事故和半个月前发生的交通事故之间的关联……

日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。 但是，这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架，接着八代商船的女社长贵江被人杀害，与此同时董事长八代延太郎也从船上神秘失踪。此前不久，贵江的丈夫八代英人驾车时突发心脏病冲下山崖。这一连串死亡、失踪案件似乎都与15年前八代商船的沉船事故有关。在层层推理调查之下，隐藏的秘密渐渐浮出水面……

在铃木园子的邀请下，柯南、小兰和少年侦探团一行参加了在太平洋航行的豪华客船阿佛洛狄忒号的处女航。很多名人和政界人士也来乘坐这艘优雅的海上游轮，但正在捉迷藏的时候铃木园子被人绑架、监禁了。凭借柯南的机智九死一生，这次在船上又发生了杀人事件。柯南注意到15年前发生的货船第一八代丸的沉没事故和半个月前发生的交通事故之间的关联……

故事以15年前的北大西洋上一件海难作序幕，这宗海难是由一艘在深夜浓雾中航行的货轮引起的。由于未能及时发现航道上有巨大冰山，货轮猛烈撞上冰山后导致引擎室受到重创，整艘船也在不久后彻底沉没。虽然大多数船员顺利获救，但船长与一名船员还是不幸罹难。 而在15年后的东京大都会，大财团的著名设计师在驾车时，突然心脏病发作。连人带车冲向山谷，车子在坠落山谷后起火燃烧，设计师当场气绝身亡。这两宗分别发生于两个不同年代的意外居然是一场惊天大阴谋的序幕。 幕后黑手选择了豪华邮轮“爱芙罗黛蒂号”作为展开阴谋的地点。恰巧江户川柯南、毛利兰、毛利小五郎等人参加了这艘邮轮的首次航行仪式，他们将一步步揭开幕后黑手的阴谋，让真相水落石出。

某个黑夜，一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件，这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”，甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际，安室透率领的日本公安赶到，间谍夺车逃跑，高速公路大桥上上演激烈追逐战，其他的车辆也被卷入其中，眼看要酿成惨重事故的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中，从大桥坠入海中。第二天，柯南等人来到东都水族馆游玩，他们在巨大摩天轮底下，发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子，仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样，也就是俗称的“阴阳眼”。

以东京为中心发生了6起连环杀人案件。除目暮警部外，还有各县刑警和小五郎参加了调查会议。令柯南意想不到的是，他发现一位会议上的刑警进入了一辆跑车里。“那辆车……难道是，琴酒的？”“黑衣组织”中的一人潜入了调查会议，并乘琴酒的车逃走了。连续杀人案件是“黑衣组织”搞的鬼吗？危机一触即发！如果让琴酒知道工藤新一还活着的话，不仅会危及新一，还有柯南身边的人。意识到事情危险性的柯南独自开始调查。

两个骨灰级的球迷维格西和克里夫，因足球队降级心生不满，激动之下俩人一起绑架了他们认为导致这一不公平决定的裁判……

一名警探在调查一宗毒贩谋杀案时，发现自己身处在这一生最为危险的一个案件中心。她身边的人都没有发现，她就是警方以及杀手都在追查的那名关键证人。

看懂的人也许能感受作者意图体现的深邃的思想，看不懂的人可能只能看到一堆线条在跳来跳去，自己是属于后者。 An experiment in pure design by film artists Norman McLaren and Evelyn Lambart. Lines, ruled directly on film, move with precision and grace against a background of changing colors, in response to music specially composed for the films. Lines - Horizontal is accompanied by American folk musician Pete Seeger on wind and string instruments.